เป็นเวลาหลายสิบปีแล้วที่ธุรกิจเมล็ดพันธุ์ได้เริ่มขึ้นในประเทศไทย ผู้ประกอบการธุรกิจเมล็ดพันธุ์ต่างต้องประสบปัญหาต่างๆมากมาย และไม่ได้รับการสนับสนุนจากภาครัฐเท่าที่ควร ในปัจจุบันปัญหาต่างๆถูกสะสมและพอกพูนมากขึ้นเรื่อยๆ ก่อให้เกิดปัญหาหนักอกหนักใจให้กับผู้ประกอบการหลายราย ต่างชาติก็เริ่มลังเลที่จะลงทุนทำธุรกิจนี้ในประเทศไทย หลายชาติที่ยังไม่มาลงทุนก็เบนเข็มไปยังประเทศเพื่อนบ้านของเราแทน หากปล่อยให้โครงสร้างทางธุรกิจเป็นเช่นนี้ต่อไป ประเทศไทยจะเกิดการสูญเสียอย่างใหญ่หลวง เมื่อต่างชาติยกเลิกการลงทุนในประเทศไทยแล้วหันไปลงทุนในประเทศเพื่อนบ้าน การว่าจ้างแรงงานต่างๆจะหายไป ประเทศไทยจะต้องรับภาระในการนำเข้าเมล็ดพันธุ์จากเพื่อนบ้านมากขึ้น ซึ่งจะทำให้เกษตรกรต้องใช้เมล็ดพันธุ์ที่มีราคาแพง และประเทศไทยอาจจะต้องสูญเสียดุลการค้ามากขึ้น

กลุ่มบริษัทเมล็ดพันธุ์ชั้นนำตระหนักถึงปัญหาดังกล่าวเป็นอย่างดี จึงรวมกลุ่มกันในเดือนตุลาคม พ.ศ.2544 ร่วมก่อตั้งสมาคมการค้าเมล็ดพันธุ์ไทยขึ้นเพื่อปกป้องธุรกิจเมล็ดพันธุ์ ผลักดันให้ธุรกิจนี้คงอยู่ และพัฒนาให้เป็นแหล่งผลิตเมล็ดพันธุ์ที่สำคัญของโลก มีการตั้งคณะกรรมการชั่วคราวขึ้นมาทำงาน จัดประชุม วางแนวปฏิบัติ จัดทำข้อบังคับมาเป็นลำดับ จนกระทั่งเดือนสิงหาคม 2545 จึงได้เริ่มตั้งสำนักงานที่อาคารสมาคมนิสิตเก่ามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และจดทะเบียนสมาคมสำเร็จเมื่อวันที่ 30 กันยายน 2545 ได้เปิดตัวอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2545 ณ โรงแรมรามาการ์เด้นส์